许多功能性蛋白质是以多亚基复合物的形式存在的。纯化这类复合物的挑战在于保持其组装的完整性和稳定性。策略通常包括：1）共表达所有亚基，以期在细胞内正确组装；2）使用亲和标签标记其中一个亚基，利用该标签纯化整个复合物；3）在整个纯化过程中使用温和的、接近生理条件的缓冲液，以防止复合物解离；4）避免使用强变性剂或剧烈条件；5）使用天然PAGE、SEC或多角度光散射（SEC-MALS）来验证纯化后复合物的组成、化学计量比和完整性。蛋白分离纯化过程中，样品损失问题需特别关注。湖南抗体蛋白分离纯化基础概念
非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳在不使用SDS和还原剂的情况下进行，蛋白质的迁移速率取决于其自身电荷、大小和形状。它能保留蛋白质的天然结构和生物活性。结合活性染色，例如在凝胶中直接检测酶促反应，可以在电泳后直接鉴定具有活性的目标蛋白条带，是分析蛋白质天然状态和活性的有效工具。获得高纯度、高均一性且稳定的蛋白质样品是进行X射线晶体学研究的先决条件。蛋白质结晶是一个探索性的过程，通过机器人技术，在96孔板中同时尝试成千上万种不同的沉淀剂、pH和添加剂条件，寻找能形成高质量单晶的比较好环境。纯化质量直接决定了结晶实验的成功率。山西重组蛋白分离纯化基础概念离心法常用于蛋白质分离的初步阶段。
膜蛋白嵌于脂质双分子层中，具有疏水表面，使其在水溶液中极易聚集和沉淀，纯化难度远大于可溶性蛋白。关键技术在于使用温和的去垢剂（如DDM、Triton X-100）将其从膜中“溶解”出来，并在整个纯化过程中维持去垢剂胶束的存在，以模拟其天然脂环境，保持其结构和功能。亲和标签策略在此同样适用，但缓冲液配方的优化更为复杂和关键。疗愈性单克隆抗体的生产已形成高度标准化的下游纯化平台。其关键是Protein A亲和层析，它能从细胞培养上清中高特异性、高效率地捕获抗体，实现较好的纯化效果。随后通常紧跟低pH孵育以灭活病毒，再经过离子交换层析（流穿模式）和疏水相互作用层析进一步去除宿主细胞蛋白、DNA、聚集体和残留的Protein A。整个流程稳健、高效，确保了药品的安全性与有效性。
盐析法是蛋白粗提的经典技术，基于“盐溶与盐析”原理实现蛋白分离。蛋白质在低盐浓度溶液中溶解度随盐浓度升高而增加（盐溶），当盐浓度达到一定阈值后，溶解度反而下降并析出（盐析）。常用盐类为硫酸铵，因其溶解度大、温度系数小、对蛋白活性影响小且价格低廉。通过调节硫酸铵饱和度，可使不同蛋白依次析出，例如高饱和度硫酸铵可沉淀大分子球蛋白，低饱和度则沉淀小分子白蛋白。盐析后需通过透析或脱盐柱去除盐分，避免影响后续纯化步骤。优化缓冲液成分可提高目标蛋白的分离纯化效率。
疏水相互作用层析基于蛋白质表面疏水贴片的差异进行分离。在高盐浓度条件下，蛋白质表面的水化层被破坏，暴露出疏水区域，与介质上的疏水配基（如苯基、丁基）结合。随后通过逐步降低盐浓度，疏水性较弱的蛋白质较早被洗脱。HIC特别适用于在离子交换后，去除疏水性强的杂质或蛋白质聚集体，是纯化过程中一个重要的正交纯化手段，能有效提高较终产品的纯度。凝胶过滤层析，又称尺寸排阻层析，其分离原理是基于蛋白质分子的流体力学半径。介质是由多孔凝胶颗粒组成，不同大小的孔洞只允许小于其孔径的分子进入。大分子因无法进入孔内，直接随流动相流出色谱柱；小分子可进入大部分孔洞，流径长，保留时间长。因此，蛋白质按从大到小的顺序被洗脱。该技术主要用于脱盐、缓冲液交换、以及较终精纯阶段去除聚集体和降解片段，同时能估算蛋白质的表观分子量。聚丙烯酰胺凝胶电泳技术用于分析蛋白质纯化的效果。湖北抗体纯化
高效的蛋白分离纯化技术减少了样品资源的浪费。湖南抗体蛋白分离纯化基础概念
纯化得到的蛋白质，其结构完整不等于功能完整。活性测定是检验纯化过程是否成功维持蛋白质生物功能的金标准。对于酶，通过测定其催化底物转化为产物的速率来评估酶活；对于抗体，可通过ELISA或细胞结合实验评估其亲和力与特异性。将活性单位与总蛋白量相比，得到比活力，比活力的提升是衡量纯化步骤有效性的较直接指标。重组蛋白表达中引入的亲和标签极大方便了纯化，但残留的标签可能干扰蛋白质的结构、功能或用于疗愈。因此，在纯化后期常需去除标签。这通过在标签与目的蛋白之间设计一个蛋白酶特异性切割位点来实现，常用酶有凝血酶、肠激酶、TEV蛋白酶等。切割后，通常需要再次使用亲和层析将已切除标签的目标蛋白与标签、蛋白酶及未切割的蛋白分离开来。湖南抗体蛋白分离纯化基础概念
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