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取上述200μL细胞液加入小室，下室（培养板）加入900L含有10% FBS的培养基。不同规格的小室和培养板所加的体积不同，具体参考Millicell®产品说明书。37°C孵育24至72小时，依据**细胞类型而定。孵育结束，小心取出细胞小室，吸掉小室上层培养液，PBS清洗一遍，70%酒精或者4%多聚甲醛固定5min，0.5%结晶紫（2%乙醇或PBS溶解）染色20min，然后进行第8步或者第9步。PBS清洗两次以去除多余的染料，立即用棉签擦去滤膜上层的细胞，自然静置风干。显微镜下观察滤膜下层的细胞，随机选取不同的视野计数并算平均值。结晶紫溶解滤膜下层细胞，然后用33%醋酸脱色，将结晶紫完全洗脱下来，洗脱液可在酶标仪上570nm读取OD值。这种方法可以避免视野下细胞穿透不均匀带来的误差。
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