化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅只需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况。郑州生物菌肥阶格
生物菌肥的作用：一个是促进土壤中团粒结构的形成，土壤团粒结构好了，理化性状就好，再一个土壤疏松，消除板结，还能增强土壤的透气性，提高保水保肥能力，生物菌肥有很多，把它叫成松土精，顾名思义，它能活化土壤，也有叫免深耕的，也有叫透气肥的，也有叫土壤调理剂的，从表面上看，生物菌肥对土壤是非常好的，有一定改良土壤的作用，第二个是分解有机肥比较好，生物菌肥在活动期间，需要有机物进行分解来繁殖，所以说充分腐熟土壤中的肥料，来减少死棵烂苗现象的发生，一般死棵烂苗都是烧根了，烧苗了这样发生的。郑州生物菌肥阶格《农用微生物菌剂GB 20287-2006》是没有有机质、氮磷钾的要求。但是菌含量、杂菌率等质量要求。
促进快速生长：能产生刺激作物生长的生物***。菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞***类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。调节生命活动，增产增收：菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果明显。与施用化肥相比，在等价投入的情况下可增产15%~30%。
生物菌肥的概念：生物菌肥内含有特定的***微生物，通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长***并***有害微生物的形成。其作用机理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的营养元素，改善植物对营养的吸收，使叶绿素含量增加，减少呼吸作用；微生物在正常的生长中释放***，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，较终使产量提高；还可以增强植物抗逆性，细菌病虫害发生，降低产量损失。生物菌肥是不可多得的好肥料。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，***营养元素。
果实品质明显提高：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价**解有机物质和***，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造***养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。造粒后再加菌、加菌后不经过高温进行物理造粒，是可行的、成熟的工艺，不存在颗粒状微生物菌剂是假的。陕西茶叶生物菌肥介绍
据国家前环保部部长陈吉宁介绍，据保守估计，目前我国大约有1/5的农地被污染。郑州生物菌肥阶格
适量施用。土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。郑州生物菌肥阶格
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