施用温度：要合理施用菌肥的比较好温度是22℃－35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。在对温室大棚里的土壤或蔬菜育苗用营养土消毒后，至少要经过10-15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再实行土壤消毒。不应同时使用菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂。一般先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。施用地块：生物菌肥的使用效果和土壤的情况有关。土壤太旱或太湿都不利于生物菌肥效力的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右。要适宜对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫元素能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。对于生物有机肥，采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。生物菌肥如果在水田使用，比较好于清晨或傍晚采用喷施的方法国家标准规定，“农用微生物菌剂产品、液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。浙江常规生物菌肥技术指导
生物菌与保存有关系，在流通过程中，生产出来的过程中，有存放也有要求。一般生物菌的存放温度，在4℃-10℃，在通风避光的情况下，一般在两年之内就可以，超过时间比较长的话，里面的生物菌会死的很多，消失的很多。所以说有些人为什么使用不好，他买了些过期的，质量不过关的买了这样的施肥效果就不好了。三、使用方法不当的情况下也可能造成效果不好，使用一般是底施、沟施、穴施，还有些蘸根的、灌根的，还有些拌苗床土的，还有些拌土用在盆里的，也有冲施的，有时选用不当的情况下，也可能造成效果不会很好。西藏功能性生物菌肥市场报价全国目前大约有2亿亩耕地在利用上都存在食品安全、生态安全问题。.
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，
生物菌肥根据其作用不同，又可分为5类：有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等。
果实品质明显提高：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价**解有机物质和***，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造***养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。**近几十年来，主要施用化学肥料，但随着化肥的大量施用，人们清醒的认识到化肥及化肥工业带来的危害.云南质量生物菌肥技术指导
微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。浙江常规生物菌肥技术指导
菌肥是土壤营养造就师微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。菌肥是“养分转化师”微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。浙江常规生物菌肥技术指导
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