形态特征
斑马鱼的透明性有助于原位观察其内部结构。它们的***具有与人类相同的主要特征，因此可以用来研究人类的发育过程。
斑马鱼胚胎也可以进行基因改造。斑马鱼与人类共有70%的基因，84%的疾病相关基因与斑马鱼有相似之处。。斑马鱼基因组已经完全测序，超过14万个基因已经突变，以研究它们在发育和疾病中的作用。
血肿
斑马鱼在造血研究中起着重要作用。这些鱼类具有与人类相同的连续多向造血过程，具有相同的不同谱系。因此，这个模型为科学家提供了许多关于血液谱系发育途径和血液紊乱的见解。 使用斑马鱼技术进行药物筛选研发。安徽国内斑马鱼实验室
1999年，Herbomel等在观察斑马鱼的巨噬细胞个体发育时发现，处于胚胎发育早期的斑马鱼巨噬细胞就具有对外源微生物大肠杆菌高效吞噬的能力。在受精30小时后，胚胎巨噬细胞就已经可以吞噬***血液内和局部组织中的外源微生物。当给非血液系统中注射大肠杆菌后，5小时后即可在局部被斑马鱼巨噬细胞***，且此时除了***局部的30——50个活化巨噬细胞外，血液中未接触病原体的巨噬细胞也同样表现出活化特性，这提示斑马鱼体内可能还存在与哺乳动物相类似的细胞因子或趋化因子系统。安徽国内斑马鱼实验室斑马鱼发育形态学研究成果。
心血管病
这些鱼类也主要用于研究心血管疾病，因为它们具有与人类胚胎相似的胚胎心脏结构。此外，斑马鱼的优点是能够在没有足够的心脏循环的情况下生存。
氧气进入斑马鱼胚胎，通过被动扩散到达其他组织。这种独特的特征有助于胚胎从初始阶段发育，尽管有心血管缺陷。他们在这一领域的应用的一个例子是探索炎症和心肌梗死之间的联系。
神经病学
由于人类和斑马鱼大脑中存在大量相似的信号蛋白，因此该模型也被***用于神经系统疾病的研究。几种人类神经系统疾病在这些鱼类中也有对应的疾病。
例如，独眼针头是斑马鱼的变种，它有一个较小的腹侧大脑，只有一只眼睛。这与人类疾病“无脑症”相比较，在这种疾病中，病人有一个小的大脑和一只眼睛。这种比较使得能够鉴定与这种状况相关的几个基因，例如CFC1。
斑马鱼作为模式生物的优势
斑马鱼已广泛应用于生命科学领域的基础研究，也早已应用于化学品安全和环境毒理学监测领域。
二十世纪末以来，斑马鱼开始进入疾病研究和新药研发领域，并收到日益广泛的关注。
2003年，美国国立卫生研究院（NIH）将斑马鱼列为继小鼠和大鼠后第3大脊椎模式生物；
2009年，FDA和EMEA接受用斑马鱼进行的完全学药理学评价数据申报临床实验，标志着斑马鱼药物毒理学与安全性评价模型得到了欧美**的正式认可；
到了2015年，中国实验用鱼（斑马鱼）质量控制标准起草启动标志着斑马鱼模型在国内的兴起。 和其它动物模型相比较斑马鱼优势。
传统药物临床前研究模式主要包括两个环节：体外实验和体内实验。体外实验（包括细胞实验、生化实验、微生物实验等）具有快速高效的优点，但是体外实验的结果与人体实验结果的可比性差。常规的哺乳类动物实验——包括老鼠、兔、犬、猪及猴子等——可提供可比度较高的筛选评估结果，但实验周期较长、成本高、审批程序复杂，严重影响药物研发的进度。斑马鱼模型既具有体外实验快速、高效、费用低等优势，又具有哺乳类动物实验预测性强、可比度高等优点，可以有效弥补体外实验和哺乳类动物实验之间的巨大生物学断层，完善现有药物研发体系。斑马鱼生物功效及安全性评价技术。安徽国内斑马鱼实验室
斑马鱼为模式生物的研究进入到一个新的阶段。安徽国内斑马鱼实验室
斑马鱼血管生成基因如血管内皮细胞生长因子（VEGF）、an-iopoietins、ephrions及相应受体与哺乳动物功能相似，而且斑马鱼血管系统及其对调节血管新生类药物的***反应与哺乳动物类似。另外斑马鱼胚胎在血液循环系统严重缺陷的情况下仍能存活，且胚胎透明，利用血管转基因荧光斑马鱼可以在24小时以内就定量评价药物的血管形成***作用。
与传统的鸡胚尿囊膜、小鼠角膜实验相比，斑马鱼更加便捷、快速、高效，而且结果定量分析的准确度更高。
目前多个出于临床试验阶段的抗血管生成靶向候选***药如SU5416、SU6668、TNP470、SU4312和AG1478等均对斑马鱼的血管形成有***的***效果。用斑马鱼筛选发现具有血管形成***活性的中***体化合物也有很多，如靛玉红、呋喃二烯等。 安徽国内斑马鱼实验室
