心血管病
这些鱼类也主要用于研究心血管疾病，因为它们具有与人类胚胎相似的胚胎心脏结构。此外，斑马鱼的优点是能够在没有足够的心脏循环的情况下生存。
氧气进入斑马鱼胚胎，通过被动扩散到达其他组织。这种独特的特征有助于胚胎从初始阶段发育，尽管有心血管缺陷。他们在这一领域的应用的一个例子是探索炎症和心肌梗死之间的联系。
神经病学
由于人类和斑马鱼大脑中存在大量相似的信号蛋白，因此该模型也被***用于神经系统疾病的研究。几种人类神经系统疾病在这些鱼类中也有对应的疾病。
例如，独眼针头是斑马鱼的变种，它有一个较小的腹侧大脑，只有一只眼睛。这与人类疾病“无脑症”相比较，在这种疾病中，病人有一个小的大脑和一只眼睛。这种比较使得能够鉴定与这种状况相关的几个基因，例如CFC1。 斑马鱼在化学品安全性评价。山东北大斑马鱼实验
在这项研究中，科研团队利用模式生物斑马鱼来研究肌肉再生。这种小型的热带鱼强大的再生能力和透明性使科学家们能够观实时、长期地观察活的斑马鱼内发生的组织再生全过程。通过转基因技术标记肌干细胞和祖细胞，再通过成像技术可以清晰地看到从初始损伤到在脊椎动物伤口部位形成新分化的肌肉纤维的整个再生过程。而近期一项关于活化PAX7阳性细胞在小鼠体内肌肉修复中的作用的研究，也表明了哺乳动物肌肉生物学和斑马鱼研究的潜在相关性。至于对***的卫星细胞的追踪，由于该体内检查方法在目前的限制性，目前在很大程度上是通过斑马鱼幼体系统克服的。
此外，进入伤口部位的增殖肌细胞与初期接触阶段损伤部位纤维、二次接触未受损部位纤维之间的相互作用也是出乎意料的。研究表明，未受损伤的纤维不是再生过程中被动的旁观者，其本身可能会指导分化祖细胞到**需要纤维生成的伤口区域发挥作用。研究还表明，伤口修复的动力学甚至心肌细胞分化的各方面，自然和完整纤维都部分地参与了这一进程。 重庆国内斑马鱼实验室利用斑马鱼胚胎透明的特点，构建绿色荧光蛋白（GFP）与内源性靶蛋白的融合蛋白。
应用
视网膜修复
斑马鱼因为它具有自我修复破损视网膜的独特能力。人类视网膜中也拥有类似斑马鱼能够修复视网膜的细胞，并计划在5年内将研究结果用于失明患者***，让他们重见光明，这可能有助于***因视网膜受损引起的失明。
听觉修复
放大2.1万倍的耳蜗毛细胞
华盛顿大学西雅图一直在对斑马鱼进行研究，试图解决人类听力丧失的问题。和许多其他水生生物一样，斑马鱼在身体表面长有毛细胞。这些毛细胞的作用是探测水中的振动，其原理与人类内耳中的毛细胞相似。但是，与人类不同的是，斑马鱼的毛细胞在受损后还可以再生。研究人员希望他们的工作可以揭开谜底，保护人类的毛细胞免受损伤、并推动毛细胞的再生。
另一组研究试图了解导致斑马鱼、鸟类和老鼠的毛***的基因和其他分子。有一项研究发现了一种似乎可以让动物毛***的发育蛋白。在研究中一名团队成员发现了小鸡的毛细胞受损后体内一种蛋白质的含量（小鸡的毛细胞可以再生）有所上升。参与这些实验的科学家们说使用药物防止听力丧失的临床实验有可能会在十年内实现。但是找到利用毛******听力丧失的办法可能还需要至少20年的时间。
斑马鱼模型既可以像体外实验那样对作用靶点明确的候选化合物进行靶向筛选和药效学评价，进行单个或多个作用靶点的筛选和验证，也可以像哺乳动物一样对靶点不明或致病机理复杂疾病的***药物进行基于药效学的筛选和评价，能够提高药物早期药效学评价的灵敏性和可靠性，有助于在药物研发早期淘汰那些体内药效学评价结果不佳的候选化合物。同时，斑马鱼模型能够早期发现化合物毒性、早期鉴别化合物毒性靶***，从而做到“早期评价，早期淘汰”。将斑马鱼模型鱼体外实验和哺乳动物实验相结合，可以从整体上缩短药物临床前早期研发的实验周期，降低实验成本，提高实验预测的准确性，进而提高药物研发效率，降低药物研发风险。斑马鱼药物毒理学评价技术。
斑马鱼基因突变技术服务：包括插入诱变和ENU化学诱变技术。
斑马鱼转基因资源库和突变体资源库服务：包括研制、收集和分发各种斑马鱼转基因品系和突变体
信息服务：包括建立斑马鱼资源信息网络数据库和提供斑马鱼基因组生物信息学分析服务。
转基因斑马鱼的制备主要采用两种方法：通过Tol2转座子构建组织特异性表达报告基因的方法；利用特定基因的启动子/增强子驱动报告基因在特定细胞组织中表达的方法。
首先构建以Tol2转座子为基础的enhancertrap载体，
在放大的照片中可看到耳蜗内的毛细胞
在放大的照片中可看到耳蜗内的毛细胞 斑马鱼发育生物学研究和模式动物建立。辽宁国内做的斑马鱼实验室
使用斑马鱼实验数据申报 CFDA 临床试验。山东北大斑马鱼实验
在国际上，斑马鱼模式生物的使用正逐渐拓展和深入到生命体的多种系统（例如，神经系统、免疫系统、心血管系统、生殖系统等）的发育、功能和疾病（例如，神经退行性疾病、遗传性心血管疾病、糖尿病等）的研究中，并已应用于小分子化合物的大规模新药筛选。我国开展斑马鱼相关的研究无论在规模还是在重视程度上都远远落后于国际形势发展的需要。推动和发展斑马鱼模式生物在我国生命科学研究中的***使用是本中心的宗旨。在国家科技部重大科学研究计划的支持下，我们汇集优势，整合我国现有的斑马鱼主要研究力量，在未来几年内逐步建立全国共享的斑马鱼模式动物研究技术和资源库，向国内同行提供斑马鱼资源、信息和技术支撑。本着提高服务效率和质量为原则，我们在上海和北京分别建立国家斑马鱼模式动物南方中心和北方中心。南方中心依托于中国科学院上海生命科学研究院，北方中心依托于北京大学和清华大学。两个中心本着优势互补的原则，共同开发研究技术和资源，以辐射状向国内研究人员提供服务，积极推进我国斑马鱼相关科学研究。山东北大斑马鱼实验
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