近十几年来，随着转基因技术的发展和应用，转基因斑马鱼也逐渐应用于水质监测，其对污染物的作用反应快，可在短时间内调查水污染状况或用于特定污染物的检测。将目标质粒注射到斑马鱼体内，斑马鱼经过筛选得到稳定的转基因品系，通过观察荧光蛋白可以用来快速检测不同的环境污染物：
银纳米粒子因其***作用而广泛应用于洗涤剂和废物处理领域，为了研究银纳米粒子对环境和健康的影响，来自新加坡国立大学化学系的研究者用斑马鱼作用模式生物评价了银纳米粒子对斑马鱼的毒性，结果显示银纳米粒子可造成斑马鱼胚胎死亡、体轴异常、脊索扭曲、血流减慢、心包水肿、心律不齐等：与常规物理和化学检测手段相比，应用斑马鱼进行环境监测和化学品研究能实现快速、高效、灵敏、成本低等优点。 斑马鱼生物功效及安全性评价技术。上海北大关于斑马鱼实验
中国化学品、环境鱼类（斑马鱼）毒性测试标准：
GB/T13267-1991水质物质对淡水鱼(斑马鱼)急性毒性测定方法
GB/T21281-2007危险化学品鱼类急性毒性分级试验方法
GB/T21858-2008化学品生物富集半静态式鱼类试验
GB/T21800-2008化学品生物富集流水式鱼类试验
GB/T21806-2008化学品鱼类幼体生长试验
GB/T21807-2008化学品鱼类胚胎和卵黄囊仔鱼阶段的短期毒性试
GB/T21808-2008化学品鱼类延长毒性14天试验
GB/T21814-2008工业废水的试验方法鱼类急性毒性试验
GB/T21854-2008化学品鱼类早期生活阶段毒性试验
GB/T21858-2008化学品生物富集半静态式鱼类试验
GB/T27861-2011化学品鱼类急性毒性试验
GB/T31270.12-2014化学农药环境安全评价试验准则第12部分：鱼类急性毒性试验
GB/T35517-2017化学品鱼类生殖毒性短期试验方法
GB/T35515-2017化学品鱼类雌***、雄***和芳香酶***活性试验方法
北京大学斑马鱼实验室斑马鱼为模式生物的研究进入到一个新的阶段。
斑马鱼很容易在实验室饲养，一般3个月就可以达到生殖成熟期，雌鱼每次产卵200枚左右，一生可产卵数千枚，斑马鱼所产之卵经24小时即可胚胎发育成熟，仔鱼期只有1个月。
更独特的是，斑马鱼的卵是透明的，整个胚胎发育在体外完成，也是透明的，这就使得人们不仅可以很容易得到胚胎，而且还可以在显微镜下直接观察斑马鱼胚胎发育的过程，不仅可作为脊椎动物模型来研究脊椎动物的胚胎发育过程，还是一种可用于人类疾病的研究的模式生物。
心血管病
这些鱼类也主要用于研究心血管疾病，因为它们具有与人类胚胎相似的胚胎心脏结构。此外，斑马鱼的优点是能够在没有足够的心脏循环的情况下生存。
氧气进入斑马鱼胚胎，通过被动扩散到达其他组织。这种独特的特征有助于胚胎从初始阶段发育，尽管有心血管缺陷。他们在这一领域的应用的一个例子是探索炎症和心肌梗死之间的联系。
神经病学
由于人类和斑马鱼大脑中存在大量相似的信号蛋白，因此该模型也被***用于神经系统疾病的研究。几种人类神经系统疾病在这些鱼类中也有对应的疾病。
例如，独眼针头是斑马鱼的变种，它有一个较小的腹侧大脑，只有一只眼睛。这与人类疾病“无脑症”相比较，在这种疾病中，病人有一个小的大脑和一只眼睛。这种比较使得能够鉴定与这种状况相关的几个基因，例如CFC1。 斑马鱼发育形态学研究成果。
模式生物斑马鱼的应用
斑马鱼在工业实验室中常被用作毒理学检验，是国际标准化组织推荐的五种实验鱼种之一。但随着对斑马鱼的进一步了解，其作为模式生物在生命科学以及医学研究中的作用正在崛起。
以斑马鱼为模型研究目的基因在脊椎动物中的表达和功能
利用斑马鱼胚胎透明的特点，构建绿色荧光蛋白（GFP）与内源性靶蛋白的融合蛋白，通过观察融合蛋白的荧光分布情况，借以确定目的基因或目的蛋白的功能和表达特点。同时，还可通过检测绿色荧光的分布，监测外源蛋白的表达在斑马鱼中的表达与分布情况。利用斑马鱼胚胎透明的特点，构建绿色荧光蛋白（GFP）与内源性靶蛋白的融合蛋白。湖北斑马鱼实验空白对照
斑马鱼发育生物学研究和模式动物建立。上海北大关于斑马鱼实验
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