在国家标准制定中，微生物菌剂是微生物肥料中的一类，目前在微生物菌剂产品登记的152种菌种中，使用频率较大的**位菌种分别为：枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、酿酒酵母、侧孢短芽孢杆菌、细黄链霉菌、植物乳杆菌、黑曲霉，其中芽孢杆菌占75%。目前在市场上推广时，微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂；剂型以液体为主，也有粉剂、颗粒型。据相关研究表明：已经记载的植物细菌病害在500种以上，涵盖20多个属的300个种、亚种和致病变种。陕西质量微生物菌剂
微生物菌剂方兴未艾，为了更好的发展中国微生物菌剂事业，倡议成立跨行业产业***，服务农民。改变西医的思路，用中医思路发展农资，建立保赢（营），要（药）肥产业***——中国农业缺少的不仅*是好药材，更需要的是好医生，让病人自己选药配药已到极限。
中国菌剂未来发展具体要怎么走？生产厂家要有真功夫做产品，科研机构要下功夫研发，经销商要下大功夫做好推广，内功配外联，科研加宣传，做好功夫肥，**终农民才能真正省功夫，实现增产增收。 陕西质量微生物菌剂一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。
目前市场上的微生物菌剂大多数是用于土壤中，抗病、抗重茬等，但是也有用于杀菌剂、少量杀虫剂。品类多，同质化产品也不少，各个生产厂家推广的卖点也是多种多样。
市场上微生物菌剂产品众多，对于经销商或者种植户而言，很难辨识出好的产品，而认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好，其实这是一种片面认知。
不仅要看菌的数量，还要看其在土壤中的定殖活性。
菌衡量标准为“有效活菌数（CFU）”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能**全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，在国家标准中，对此均有详细的标定。
我国微生物肥料是从豆科植物上应用根瘤菌接种剂开始的，起初只有大豆和花生根瘤菌剂。50年代，从原苏联引进自生固氮菌、磷细菌和硅酸盐细菌剂，称为细菌肥料；60年代又推广使用放线菌制成的“5406”抗生菌肥料和固氮蓝绿藻肥；70-80年代中期，又开始研究VA菌根，以改善植物磷素营养条件和提高水分利用率；80年代中期至90年代，农业生产中又相继应用联合固氮菌和生物钾肥作为拌种剂。这3次的发展都不稳定，其主要原因是产品质量无保证、无标准，行业无监管，以致每次发展的时间都不长。微生物是土壤的重要组成部分并且是土壤生态系统的灵魂和中心，必将在土壤健康的恢复中发挥重要作用。
菌剂是农用微生物菌剂的简称，对应的标准是《农用微生物菌剂》（即微生物接种剂）（GB20287-2006），是指1种或1种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或*与利于该培养物存活的载体吸附所形成的***制品，它是菌肥大类的其中一种。
国标功能菌的含量为2亿/克，这是微生物肥料类**能菌含量比较高的一种，是少量使用的。主要用途是与其他畜禽粪便、植物秸秆及其他动植物残体一起施用，或者发酵起到腐熟和补充有益功能菌的作用。菌剂一般包装小2-5公斤，亩用量也是2-10公斤就可以了。
菌肥是老百姓和部分经销商对微生物肥料的简称，是指目标微生物经工业化生产扩繁后与营养物质等复合而成的、含有该培养物***的制品，它在单位面积上的用量较大，目前可分为复合微生物肥料、生物有机肥和农用微生物菌剂，即涵盖菌剂。
复合微生物肥料：目的为生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。陕西质量微生物菌剂
施用微生物菌剂前，菜农可通过提前浇小水、控制好温湿度等措施，为微生物菌创造适宜的生存环境，保证肥效。陕西质量微生物菌剂
影响微生物菌剂质量主要是菌种与生产工艺，不同企业生产的同类产品质量差异大；不同生产批次间差异大。菌种和产品同质化问题严重，生产菌种（菌株/菌系）同质化、产品组合大多雷同，更新换代慢；不重视菌种的筛选、保藏、复壮等。配套生产工艺不尽合理，对于微生物菌剂精细化技术含量高的产品，生产工艺是决定产品质量的关键因素。有的企业斥巨资在生产设备上，而有的企业设备不配套，生产出的产品质量当然就会有高低。现在也存在不少企业主要凭经验生产，设备不配套，企业间的设备和工艺差距大。陕西质量微生物菌剂
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