有机肥一般是开沟下的，若开沟位置过于靠近主干，恐挖伤粗根，而这类根不像吸收根那么更迭较快，恢复起来需要较长的时间，果树可能因树势急剧衰退而亡；除去直接挖断粗根，开沟后未及时覆盖，使根系长时间暴露在外，同样会对树体不利。有机肥过量使用可能会导致烧根、土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水等，终引起死树。施用有机肥时应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求与土壤营养的补充。有机肥含有大量有机质，一般含量为200g/kg左右。中国台湾经济型有机肥品质保障
以基（底）肥为主。有机肥施用方法一般以基（底）肥使用为主，在作物栽种前将肥料均匀撒施，耕翻入土。如采用条施或沟施，要注意防止肥料集中施用发生烧苗现象，要根据作物田间实际情况确定有机肥的亩施用量。2、与化肥配合使用。有机肥的长效性，不能代替化学肥料的***性，必须根据不同作物和土壤配合化肥，实用才能取得比较好效果。3、要充分腐熟。未经腐熟发酵的有机肥施入土壤后，不能被作物直接吸收利用，仍需继续发酵腐熟，并产生有害的气体0根系。4、制作有机肥时加添加剂事半功倍。在农家肥里人为的添加一些所谓的添加剂，就可以使农家肥的肥效加倍提高，并防止它的有效养分挥发流失。安徽正规有机肥技术指导集中施用除了量大的粗杂有机肥料外，养分含量高的商品有机肥料一般采取在定植穴内施用或挖沟施用的方法。
羊厩肥属于热性肥料，可以用来调节土壤温度。如南方的冷浸田施用羊厩肥，可以提高土温，有利于水稻秧苗的生长。北方的冬小麦、南方的油菜和绿肥等越冬农作物施用羊厩肥，可以起到保温、防冻的作用。而这些作用是快速化肥和凉性农家肥所不具备的。（鸡粪含有更高的有机质和氮磷钾，但往往水溶性盐会>23克／千克，高于羊粪<5克／千克，并且鸡的养殖密度高，生长过程使用更多的东西，因此不予作为耕种帮有机肥料的原料）耕种帮有机肥料采用内蒙古圈养吃饲料绵羊羊粪为原材料，养分含量是食草山羊粪的两倍。
有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质，不仅吃瓜瓜甜，吃麦麦香，更重要的是通过微生物分解出的有机酸能够活化土壤中被固定的矿物质元素得以充分的吸收和利用。真正的有机肥不得溶化，也不能溶化，因为有机肥里面含有大量的纤维素和木质素不能被水溶解，它必须是通过土壤中的微生物菌来进行分解，转换为氨基酸和碳水化合物才能够被果树根系吸收，这是一个缓慢而持久的过程。而且在土壤中不易流失，大量施肥容易造成磷、钾养分的富集，造成土壤养分的不平衡。
有机肥有改良土壤，提高化肥的肥效，改善土壤物理性质，提高土壤保水保肥能力，增加土壤微生物，增强土壤对酸碱的缓冲作用，刺激农作物生长的作用。有机肥正确的使用方法是。1，同化肥配合使用。有机肥含丰富的有机质，具有改良土壤的特殊功能，但所含养分不高，肥效持久但迟缓，当年利用率*20-30%，在作物生长旺盛期需要养分**多的时期，有机肥往往不能及时提供养分，同化肥混合施用，可缓济相补，相得益彰。2，需早施。有机肥施入土壤后，需经微生物的分解逐步转化为可被作物吸收的可利用态，这是有一定时间才可以完成的，所以需早施。3，需腐熟。特别是粪肥一类的有机肥，一定要完全腐熟好才可施用，因其含有大量的病菌，虫卵，草籽等。代谢吸收促进物等承担，这些成分只有有机肥中**丰富。上海大丰收有机肥市场报价
如果不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高。中国台湾经济型有机肥品质保障
有机肥具有吸热、增温功能，有利于果树根系萌芽和生长。有机肥在分解的过程中会释放出一定的热量，提高土壤的温度，同时，有机肥热容量较大，保温性能好，不易受外界冷热变化的影响，冬天防冻，夏天防暑，这对于果树根系萌芽、生长和越冬非常有利。土壤有机质是泛指土壤中来源于生命的物质。土壤有机质是土壤固相部分的重要组成成分，是植物营养的主要来源之一，能促进植物的生长发育，改善土壤的物理性质，促进微生物和土壤生物的活动，促进土壤中营养元素的分解，提高土壤的保肥性和缓冲性的作用。中国台湾经济型有机肥品质保障
