土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。生物菌肥中的菌种能够分解有机物质，改善土壤结构，增加通气性和保水性，提高土壤肥力，减少土壤侵蚀。浙江质量生物菌肥品质保障
目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，**利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。但生长停滞不**菌的死亡，当温度正常恢复且土壤湿度在50%左右时，菌将恢复生长及繁殖功能。如果在高温地区施用菌肥，建议企业通过分离筛选出更耐高温的菌种，添加到菌肥中确保菌肥效果。此外，强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让菌悬浮到水中一部分，被冲掉，从而影响菌肥效果。河南本地生物菌肥厂家批发价一种看法认为它肥效很高，把它当成肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
生物菌与保存有关系，在流通过程中，生产出来的过程中，有存放也有要求。一般生物菌的存放温度，在4℃-10℃，在通风避光的情况下，一般在两年之内就可以，超过时间比较长的话，里面的生物菌会死的很多，消失的很多。所以说有些人为什么使用不好，他买了些过期的，质量不过关的买了这样的施肥效果就不好了。三、使用方法不当的情况下也可能造成效果不好，使用一般是底施、沟施、穴施，还有些蘸根的、灌根的，还有些拌苗床土的，还有些拌土用在盆里的，也有冲施的，有时选用不当的情况下，也可能造成效果不会很好。菌肥，亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等。
生物菌肥的作用：一个是促进土壤中团粒结构的形成，土壤团粒结构好了，理化性状就好，再一个土壤疏松，消除板结，还能增强土壤的透气性，提高保水保肥能力，生物菌肥有很多，把它叫成松土精，顾名思义，它能活化土壤，也有叫免深耕的，也有叫透气肥的，也有叫土壤调理剂的，从表面上看，生物菌肥对土壤是非常好的，有一定改良土壤的作用，第二个是分解有机肥比较好，生物菌肥在活动期间，需要有机物进行分解来繁殖，所以说充分腐熟土壤中的肥料，来减少死棵烂苗现象的发生，一般死棵烂苗都是烧根了，烧苗了这样发生的。土壤由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物生长发育的基础。宁夏功能性生物菌肥品质保障
生物菌肥适用于各类农作物的生产，包括粮食作物、蔬菜、果树、经济作物等。浙江质量生物菌肥品质保障
误区4：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后成为优势菌群，但外部环境的改变会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。误区5：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题少数用户缺乏对症用菌的意识，选购产品时只注重是否含菌，而不关注菌的种类，使用不对症的菌品种后，达不到所需目的。现阶段在农业部获得登记的微生物品种有9种，具有不同的功能，要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。误区6：超过保质期使用就没有效果国家标准规定，“农用微生物菌剂产品”及“有机物料腐熟剂产品”液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。浙江质量生物菌肥品质保障
