蛋白酶用于生成肽，用于质谱分析蛋白质。这些应用包括蛋白质组学和生物制药的深度表征。由于遗漏了切割和样品制备诱导的伪影，传统的蛋白酶并不总是理想的，因此需要具有不同特异性的蛋白酶工具箱。Genovis的GingisREX 是一种精氨酸特异性蛋白酶，可将蛋白质 C 末端消化为精氨酸残基。与胰蛋白酶肽相比，所得肽更长，并可能导致序列覆盖率增加。质谱分析中蛋白酶的特异性对于获得高质量的数据集和避免复杂的数据解释至关重要。作为模型底物，使用胰岛素氧化β链来比较 GingisREX 和 ArgC 的酶特异性。胰岛素氧化β链含有一个精氨酸和一个赖氨酸残基。在RP-HPLC和质谱法上分析GingisREX和ArgC的酶切肽。GingisREX在赖氨酸残基上没有酶活性或其他额外活性，即使在长时间孵育过夜后，酶与底物的比例也很高（1：5）。然而，ArgC在精氨酸残基上显示出主要活性，但在赖氨酸残基上也可以看到酶消化。在酶与底物的比例为 1：20 和过夜孵育下，证明了 ArgC 的额外非特异性活性。在相同条件下，GingisREX未检测到这种情况。数据证实了GingisREX精氨酸残基的特异性活性，并显示使用Arg-C在赖氨酸和其他残基处的非特异性消化。这包括FabRICATOR固定化柱和CaptureSelect Fc纯化柱，用于亚基的亲和纯化。上海GingisKHANIdeS蛋白酶蛋白组学
抗体 Fc 糖基化谱是一种重要的 CQA，因为它会影响疗效、和免疫原性。因此，需要从早期开发、工艺开发到质量控制和批量放行的整个过程对Fc聚糖谱进行监测。传统的分析方法基于对游离的聚糖进行荧光标记，然后通过HILIC-HPLC或CE进行分析，这需要多步骤的样品制备方案，这需要大量的时间和资源。使用Genovis的FabRICATOR MagIC酶解mAb，然后使用LC-MS进行中级分析，为Fc聚糖分析提供了一种快速、直接的替代方法。如上所示，它很容易实现自动化，以提高通量并降低处理错误的风险。山西FabRICATORIdeS蛋白酶也不需要任何额外的辅助因子，它将在不同生理缓冲中发挥作用。
与IdeS不同，融合蛋白是通过将两种或多种蛋白质或肽的功能组合成一个量身定制的分子来创造的，以专门应对挑战。连接此类蛋白质或肽结构域的常见方法是包含柔性连接子。这些连接子通常富含甘氨酸，例如甘氨酸残基（G），或甘氨酸残基散布丝氨酸残基（GS）以形成重复序列。这为连接子提供了足够的灵活性，不会干扰连接蛋白质结构域的功能。然而，这些新模式带来了新的分析挑战，需要新的工具来促进表征和产品质量监测。中级分析已成为分析单克隆抗体疗法的标准方法，涉及将分子消化成几个定义的亚基。它们足够小，可以获得高质量的质谱图，并为产品质量属性提供特定领域的信息。由于G和GS连接子对常见蛋白酶的降解具有抗性，因此很难分离结构域以进行深入分析。因此，Genovis开发了GlySERIAS，不同于IdeS酶，一种消化柔性富含甘氨酸的连接子的酶。GlySERIAS可以分离不同的功能域，并实现对融合蛋白、多特异性抗体和含有富含甘氨酸的连接子的各种mAb片段进行详细表征的中级方法。
为了让所有实验室都能同时快速自动消化多种抗体，Genovis的FabRICATORMagIC的设计具有灵活性，适用于一系列自动化平台。我们在ThermoScientific™KingFisher™纯化系统上优化了FabRICATORMagIC的工作流程，但它可以转移到其他自动化平台，如果没有自动化，在振动台上也能同样出色地工作。消解后，将含有处理样品的深孔板直接转移到LC-MS的自动进样器中进行快速色谱分析，或转移到其他分析方法进行分析。FabRICATORMagIC与在消解缓冲液中添加0.05%聚山梨醇酯20兼容，以极大限度地减少自动化系统中可能发生的纯粹压力。使用KingFisher仪器处理样品时，样品制备非常简单。将样品、树脂和缓冲液移液到指定的孔或板中，然后将板放入仪器中。设计用于FabRICATORMagIC的BindIt™协议将控制每个步骤的孵育温度和时间。QC方法需要执行简单，易于训练，高度可重复，数据易于分析。
与IdeS不同。Genovis的IgASAPSub1是一种IgA1特异性酶，可在铰链上方的一个特定位点消化人IgA1，产生完整且均质的Fab和Fc片段。IgASAPSub1可水解分泌物和血清IgA1。消化在1小时内完成，并且由于酶的特异性，如果孵育时间延长，则不存在过度消化的风险。该酶在pH值6.5至8.0下具有活性，不需要还原条件或辅助因子即可发挥活性。活性是在37°C下，但也可以在室温下使用增加孵育时间进行消化。IgASAPSub1是从口腔链球菌克隆而来的，并在大肠杆菌中表达。该酶含有His标签，分子量为148kDa。IgASAPSub1冻干剂以冻干粉的形式提供，装在1000个单位的小瓶中，用于消化1mgIgA1。木瓜蛋白酶和 Lys-C 等传统酶可用于生成 Fab 片段，但非特异性酶活性需要仔细优化，降低多个消化位点的风险。北京FabRICATORIdeS蛋白酶蛋白组学
FabRICATOR MagIC磁珠含有Ides固定化酶专为自动化平台（振动台）而设计。上海GingisKHANIdeS蛋白酶蛋白组学
Genovis提供FabRICATOR（IdeS）验证包。三种不同批次的冻干酶，用于验证基于FabRICATOR的分析方法。FabRICATOR（IdeS）是一种IgG特异性半胱氨酸蛋白酶，可消化铰链下方单个氨基酸位点的抗体，产生均质的F（ab'）2和Fc片段。FabRICATOR酶已成为生物制药行业中使用的工具，用于表征用于zhiliao用途的单克隆抗体、Fc融合蛋白、ADC和生物仿制药。每批FabRICATOR酶在释放前都经过严格的酶活性、特性和纯度测试。FabRICATOR验证试剂盒由三批冻干酶组成，使方法验证更容易。每批都附有一份分析证书。QC应用的简化方法验证；批次间变异性评估的理想形式；提高批量放行检测性能的可信度。上海GingisKHANIdeS蛋白酶蛋白组学
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