目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，**利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。但生长停滞不**菌的死亡，当温度正常恢复且土壤湿度在50%左右时，菌将恢复生长及繁殖功能。如果在高温地区施用菌肥，建议企业通过分离筛选出更耐高温的菌种，添加到菌肥中确保菌肥效果。此外，强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让菌悬浮到水中一部分，被冲掉，从而影响菌肥效果。土壤功能退化，作物生长不良、病害加重、品质下降及产量降低甚至绝收等问题日益严重.吉林湿地生物菌肥技术指导
选购生物菌肥时，要注意其是否过了产品保质期，一般超过生产日期1年的生物菌肥活性会显着降低。再看有无农业部登记证，正规的厂家生产的产品都有农业部登记的证明。还要看包装袋上标明的活菌数量是否符合国家规定（国家规定生物菌剂有效活菌数≥2亿/克，颗粒状的≥1亿/克，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克）。不合格的生物菌肥绝不购买。 生物菌肥可以单独使用，但比较好是与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥或生物菌肥。生物菌肥不宜与化肥直接混合使用，高浓度的化学物质对生物菌肥里的微生物有毒害作用，尤其要注意不应将菌肥与含硫的化肥（如硫酸钾等）及草灰混合用，因为这样的肥料更容易杀死菌肥里的有益菌。云南多功能生物菌肥品质保障一种看法认为它肥效很高，把它当成肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；
生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感。存放或使用时尽量避免强光直接照射，因此生产上一般不采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。喷雾时只要在植物的叶片背面均匀喷布即可。混合使用：生物菌肥可以单独施用，但是不能完全代替化肥或有机肥，事实是与后两者混合使用的效果要好于它们的单独使用。要谨慎不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混合施用。施用时期：要注重生物菌肥不是***肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前一周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，微生物菌剂的施用量不能过大。因为生物菌肥施入土壤后有一个菌群繁殖、壮大的过程。因此，要先于作物需肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以长期、均匀、持续地供给作物养分。
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，当前肥料品类繁多，从各种化肥、复合肥到各种有机肥、生物菌肥、多肽酶肥、有机无机肥等，五花八门。
首先，要选择正规厂家的产品。具备农业部微生物肥料登记证，包括：微生物菌剂登记证、生物有机肥登记证，或复合微生物肥料登记证；其次，要核对执行标准。农用微生物菌剂执行的是国家标准，为GB20287-2006，生物有机肥和复合微生物肥执行的是行业标准，分别为NY884---2012和NY/T798-2015；再次，要查看包装袋上菌数的标注。菌剂中的有效活菌数液体含量要≥2亿/克颗粒的要≥1亿/克，生物有机肥和复合微生物肥中的有效活菌数含量要≥2000万/克。在满足以上3个条件的情况下，用户可以根据所需要的功能选择含有特定功能菌种的微生物菌肥。菌肥的质量要看其所含“有效活菌”的数量，活菌越多效果约好，特别说明要是活菌！肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期。湖北常规生物菌肥咨询报价
但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。吉林湿地生物菌肥技术指导
1、微生物菌剂施用时间一般为清晨或者阴天。微生物菌剂中的芽孢杆菌不能在阳光下直射，会使其繁殖、代谢等活动受到影响，甚至会是去活性，一定要避免在炎热高温的天气使用。2、微生物菌剂对土壤条件要求比较严格，像土壤水分含量、有机质含量、以及pH值的大小都会影响其作用的发挥。一般菌适宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后应立即浇透水，菌肥和有机肥混合施用，可以明显提高土壤中有机质的含量。3、微生物菌剂不应该长期放置，应该随用随买；使用前应该存放阴凉干燥、通风处，避免受热、受潮以及阳光直射；肥料开口后应一次用完，否则会导致其他菌进入，污染肥料中的菌。4、微生物菌剂不要与能够杀死有益菌的物质一同使用，菌剂因为里边含有大量的有益活菌，所以严禁与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些农药或者肥料中的物质会很容易造成菌的失活，导致其失去效果。如果要施用的话，应**少间隔48小时后再用。 5、微生物菌剂不能随意混合化肥施用。虽然菌可以与化肥、有机肥等混合施用，但是这并不意味着可以随意混合。当化肥中氮磷钾等元素的总含量超过7%时就会在很大程度上***菌的活性。 吉林湿地生物菌肥技术指导
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